汙水處理中的微生物種類很多，主要有菌類，藻類以及動物類。

（1）細菌

細菌是單細胞的原核生物。細胞內有細胞質，由蛋白質、碳水化合物和其他有機化合物的膠體懸浮液組成。細胞質內還有脫氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）。細菌包括杆菌、大腸埃希菌、球菌、螺旋菌、弧菌屬等。

（2）原生動物

原生動物是可以活動的微小真核生物，通常為單細胞。大部分原生動物是好氧異養生物，隻有少數是厭氧的。原生動物比細菌大一個數量級，並往往以消耗細菌為能源。原生動物包括變形蟲屬、簡便蟲屬等。

（3）真菌/酵母菌

真菌是多細胞、非光合的異養真核生物，大多數真菌是好氧微生物，並具有降解纖維素的能力，對汙泥堆肥有重要作用。酵母菌是真菌，但屬單細胞生物。

（4）蠕蟲

十二指腸鉤蟲、人蛔蟲、毛首鞭形線蟲等。

（5）病毒

病毒是由核糖核酸核心（DNA或RNA）組成，寄生於其他生物的細胞內，包括MS2、腸道病毒、諾沃克因子、輪狀病毒等。

（6）古菌

古菌大小和細胞成分類似於細菌，對厭氧過程很重要。

（7）輪蟲

輪蟲屬好氧異養動物的真核生物。它對於消耗分散、絮凝的細菌和小顆粒有機物質非常有用。

（8）藻類

藻類是單細胞或多細胞，自養光合型的真核生物。在廢水處理中，藻類通過光合作用產生氧的能力是水生態環境的生命所在。

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